Saat ini struktur organisasi dari IBT ITK seperti yang terlihat pada gambar diatas, Manajer IBT ITK dibantu dua orang asisten pada bidang inkubasi dan bidang fasilitasi pendanaan. Asisten manajer bidang inkubasi akan bertanggung jawab atas jalannnya kegiatan proses bisnis IBT ITK . Sedangkan Asisten manajer bidang fasilitasi pendanaan akan menjalankan program pendukung dalam rangka memberikan fasilitas tenant serta memberikan akses kemudahan pendanaan. Detail tugas pokok dan fungsi dari masing-masing pengelola IBT ITK adalah sebagai berikut :
1. Kepala Inkubator, bertanggung jawab sepenuhnya terhadap kegiataninkubator dan bertindak sebagai kontrol.
2. Manager, Memimpin seluruh pelaksanaan kegiatan inkubator dan juga kepengurusan legalitas usaha tenant, melakukan proses kerjasama.
3. Asisten Manager Bidang Inkubasi, melaksanakan tugas secara keseluruhan proses inkubasi seperti perencanaan proses inkubasi, proses evaluasi, membuat kurikulum pelatihan, penentuan narasumber untuk pelatihan.
4. Asisten Manager Bidang Fasilitasi Pendanaan, Bertanggung jawab pada pendanaan inkubator dan pendanaan untuk tenant serta melakukan jaringan dengan Lembaga pendanaan dalam bentuk pendampingan pengajuan dan negoisasi pengajuan pendanaan.